Le 20 mars 1982, la princesse Margaretha épouse à Luxembourg le prince Nicolas de Liechtenstein (1947), troisième fils du prince souverain de la principauté du Liechtenstein, François-Joseph II de Liechtenstein. Le couple a eu quatre enfants :
Leur premier fils est mort-né et est inhumé dans la crypte de la famille royale belge à Laeken.
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