En 2000 Hubertus s'est marié avec Uta Maria König (née le 25 février 1964). Leur mariage civil a été tenu le 10 juillet 2000 à Grünwald; leur mariage religieux a été tenu le 23 septembre 2000, à Palma de Majorque, en Espagne.
Ils avaient deux enfants :
* Prince Lennart Carl Christian de Hohenzollern (né à Munich, le 10 janvier 2001; mort à Munich, le 14 janvier 2001)
* Princesse Vivianne de Hohenzollern (né à Munich, mai 2009)
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